Crises et négociations : la résilience d’un état-frontière
Bien sûr, le développement de Montbéliard n’est pas sans aléas. La Guerre de Trente Ans ravage la région (plus de 20% de la population du comté aurait péri, selon les estimations de l’INRA), mais la ville contourne les dommages les plus extrêmes grâce à sa diplomatie et à la neutralité parfois affichée. Aux XVII et XVIII siècles, la pression française se fait de plus en plus forte, surtout après la Révocation de l’Édit de Nantes (1685) : certains droits locaux sont menacés, mais Montbéliard sait négocier ses statuts spécifiques auprès de Louis XIV puis de Louis XV.
La crise n’empêche pas des réformes prudentes. Le commerce subsiste, voire s'accroît, par la “contrebande douce” dont Montbéliard est un épicentre régional. L’alliance avec la Suisse protestante diversifie les débouchés. Les ducs investissent dans la salubrité urbaine et la voirie, soutiennent innovation technique et éducation.
Ce n’est qu’en 1793, sur fond de Révolution, que Montbéliard est absorbée par la France et perd sa spécificité d’État du Saint-Empire. Mais la greffe française, si elle bouleverse les institutions, ne rompt pas l’héritage d’une société ouverte, multiconfessionnelle, polyglotte, tournée vers l’émulation et la création.